fix compatibility on mipsel

Forwarded: https://github.com/lh3/fermi-lite/pull/13

Gbp-Pq: Name sync_instead_of_atomic

Ensure that our variable checking for >= 0 is signed

Last-Update: 2020-03-17
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/954127

The type of v->n is size_t, which is an unsigned type, and we are assigning
v->n - 1 to i and looping while this is >= 0.  If v->n == 0, on some
architectures (armhf) this results in i being set to a positive value
(specifically, UINT32_MAX).

Gbp-Pq: Name ensure-signed-comparison.patch

use the simde header library for greater compatibility

Gbp-Pq: Name simde

Try to take over patches from libSeqLib which needs separate bfc.h

Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

 FIXME: Please check the FIXME at the end.  I think I did things wrong to put a
        static declaration into header file but I had no better idea to make
        ec1buf_init known in libSeqLib

Gbp-Pq: Name bcf_seqlib.patch

Avoid name space conflict with bwa

Bug-Upstream: https://github.com/lh3/fermi-lite/issues/5
Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

Gbp-Pq: Name rename_bseq1_t.patch

add hardening flags

Last-Update: 2016-01-08

Adds necessary build flags for hardening.

Gbp-Pq: Name hardening

build shared library

Last-Update: 2016-01-08

Upstream only builds a static library, this adds a shared one.

Gbp-Pq: Name make_shared_lib

fermi-lite (0.1+git20190320.b499514-1+rpi1) bullseye-staging; urgency=medium

  * Link with libatomic on armhf too.

[dgit import unpatched fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1+rpi1]

Import fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1+rpi1.debian.tar.xz

[dgit import tarball fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1+rpi1 fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1+rpi1.debian.tar.xz]

Import fermi-lite_0.1+git20190320.b499514.orig.tar.xz

[dgit import orig fermi-lite_0.1+git20190320.b499514.orig.tar.xz]